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annotations_creators:
- other
language:
- ja
license:
- cc-by-4.0
multilinguality:
- monolingual
source_datasets:
- original
size_categories:
- 1K<n<10K
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fungi_indexed_mycological_papers_japanese
大菌輪「論文3行まとめ」データセット  
最終更新日：2025/5/2（R3-12744まで）  
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### Languages
Japanese  
  
This dataset is available in Japanese only.  
  
## 概要 / Overview

[大菌輪](http://mycoscouter.coolblog.jp/daikinrin/)は、Atsushi Nakajima（中島淳志）が個人で運営しているWebサイトです。ここでは、数千件以上の菌類分類学論文を「論文3行まとめ」という形で要約および索引付け（インデキシング）した情報を提供しています。

[Daikinrin](http://mycoscouter.coolblog.jp/daikinrin/) is a website personally operated by Atsushi Nakajima. It provides summaries and indexing information for thousands of mycological taxonomy papers in the form of "Three-line Paper Summaries."

本データセットは、「論文3行まとめ」のコンテンツに含まれる以下の情報をまとめたものです：
- 各論文の3行抄録
- タグ（索引）
- 掲載種一覧
- 比較種一覧

This dataset compiles the following information from the "Three-line Paper Summaries":
- Three-line abstracts for each paper
- Tags (indices)
- List of reported species
- List of compared species

「論文3行まとめ」は毎日更新していますが、本データセットの更新はおおむね1ヶ月に一度とする予定です。

While the "Three-line Paper Summaries" are updated daily, this dataset is planned to be updated approximately once a month.

また、本データセットを可視化したWebアプリを[Observableで公開](https://tinyurl.com/2tvryz8u)しています。

Additionally, a web application visualizing this dataset is [published on Observable](https://tinyurl.com/2tvryz8u).

## 関連データセット / Related Datasets

1. 「識別形質まとめ」 / "Summary of Diagnostic Characters"  
   [Atsushi/fungi_diagnostic_chars_comparison_japanese](https://huggingface.co/datasets/Atsushi/fungi_diagnostic_chars_comparison_japanese)

2. 「Trait Circusデータセット」（統制形質） / "Trait Circus Dataset" (Controlled Traits)  
   [Atsushi/fungi_trait_circus_database](https://huggingface.co/datasets/Atsushi/fungi_trait_circus_database)

## 各カラムの説明 / Column Descriptions

| カラム名<br>Column Name | 説明<br>Description |
|------------------------|---------------------|
| R3ID | 大菌輪「論文3行まとめ」のID<br>ID for Daikinrin "Three-line Paper Summary" |
| ja_title_provisional_translate | 仮訳和文題名。作成者が翻訳したタイトル。一部、日本語の原題があるものはそれをそのまま使用。<br>Provisional Japanese title translation. Translated by the creator. Some original Japanese titles are used as-is. |
| original_title | 原文題名<br>Original title |
| published_year | 出版年<br>Publication year |
| journal_title | 雑誌名<br>Journal title |
| source | 文献リンク。各情報の出典（文献）のURL。<br>Literature link. URL of the source (literature) for each piece of information. |
| daikinrin_url | 大菌輪「論文3行まとめ」のURL<br>URL of the Daikinrin "Three-line Paper Summary" |
| tags | 作成者が論文を全文読んだ上で独自に付与した索引。カンマ+半角空白区切り。形態形質、宿主/基質、実験器具/実験手法/試薬、地理的分布、生理/生化学などを幅広く索引。<br>Indices uniquely assigned by the creator after reading the full paper. Comma + single-space separated. Widely indexed including morphological traits, hosts/substrates, experimental equipment/methods/reagents, geographical distribution, physiology/biochemistry, etc. |
| R3summary_1 | 3行抄録の「1行目」<br>"First line" of the three-line abstract |
| R3summary_2 | 3行抄録の「2行目」<br>"Second line" of the three-line abstract |
| R3summary_3 | 3行抄録の「3行目」<br>"Third line" of the three-line abstract |
| species_reported | 報告種一覧。当該論文内で掲載された種の一覧。「半角空白+半角スラッシュ+半角空白」区切り。<br>List of reported species. List of species mentioned in the paper. Single-space + forward slash + single-space separated. |
| species_compared | 比較種一覧。いずれかの報告種と論文中で何らかの比較がなされた種の一覧。「半角空白+半角スラッシュ+半角空白」区切り。<br>List of compared species. List of species compared with any of the reported species in the paper. Single-space + forward slash + single-space separated. |
| taxon_reported | 分類群一覧。報告種に対応する上位分類群をまとめたもの。カンマ+半角空白区切り。MycoBankの情報を基に付与（最新でない可能性あり）。<br>List of taxa. Summary of higher taxa corresponding to the reported species. Comma + single-space separated. Based on MycoBank information (may not be up-to-date). |

### species_reportedの記号の意味 / Meaning of symbols in species_reported

- ★：新種（新亜種・新品種・新変種）/ New species (new subspecies/variety/form)
- ■：新産種 / New record
- ▲：新組み合わせ / New combination
- ◆：新学名 / New name
- ●：新階級 / New rank
- （無印）：その他 / (No mark): Others

### species_comparedについて / About species_compared

詳細は「識別形質まとめ」データセット（[Atsushi/fungi_diagnostic_chars_comparison_japanese](https://huggingface.co/datasets/Atsushi/fungi_diagnostic_chars_comparison_japanese)）を参照してください。