Con Fernando Trueba las cosas fueron diferentes. Es un hombre agradable, sencillo e inteligente, y desde el principio supo tratarla con ternura. Su primer proyecto en común, "Belle Époque", les deparó el premio a la Mejor Película de Habla no Inglesa en los Oscar de 1993 y el primer contacto de Penélope con una alfombra roja que la vería desfilar muchas veces más. Deslumbrado por el encanto y la naturalidad de la actriz, el director le pidió a Rafael Azcona una historia con protagonista femenina que sacase partido a su carisma. Esa historia se convirtió en "La niña de tus ojos", y su personaje, Macarena Granada, le trajo el Goya a la mejor actriz protagonista en 1998.