Las disidencias y deserciones que se producen son un tema complejo. Para empezar, las primeras reflejan las discrepancias entre quienes se acogieron al acuerdo y aquellos que decidieron seguir en la ilegalidad. Los frentes guerrilleros que no se acogieron al proceso de paz continúan ligados al negocio del narcotráfico, y este es el destino probable de algunos de los desertores del acuerdo. Por su parte, la deserción parece ser un síntoma de que algo sucede en las zonas habitadas por quienes están en proceso de reincorporación, prueba de ello sería la fuga de uno de los excomandantes de las FARC en septiembre de 2017. Por último, se sabe que grupos ilegales ofrecen a los desmovilizados salarios rentables por unirse a la actividad criminal.